幽門桿菌的標準治療通常需要使用包含高劑量抗生素與質子幫浦抑制劑（PPI）的「四合一」療法。在這個過程中搭配益生菌作為輔助，在臨床上被認為是非常有益的做法。

為什麼殺菌治療建議搭配益生菌？
1.大幅減少抗生素副作用： 殺菌療程最常見的副作用是「抗生素相關性腹瀉」、噁心、腹脹或味覺異常。益生菌能幫助維持腸道菌相平衡，有效降低這些腸胃不適的發生率。
2.提升病患服藥順從性： 許多病患會因為吃抗生素太不舒服而自行停藥，導致殺菌失敗並產生抗藥性。益生菌減輕了副作用，能讓病患更順利地吃完整個療程。
3.輔助提升除菌率： 部分益生菌（例如某些乳酸桿菌）能分泌抑制幽門桿菌生長的物質，或是減少幽門桿菌對胃黏膜的附著，進而微幅提高整體的除菌成功率。

建議選擇的益生菌菌種
1.布拉氏酵母菌 (Saccharomyces boulardii)： 這是一種「酵母菌」（真菌），因此完全不怕抗生素（抗生素只殺細菌），是搭配抗生素療程時的首選之一。
2.乳酸桿菌屬 (Lactobacillus)： 例如鼠李糖乳桿菌（LGG）、洛德氏乳桿菌 (L. reuteri) 等。
3.雙歧桿菌屬 (Bifidobacterium)： 即俗稱的比菲德氏菌，有助於穩定下消化道環境。

搭配服用的「關鍵注意事項」

 務必錯開時間： 這是最重要的原則。一般的益生菌（細菌類）若與抗生素同時吃，會直接被抗生素殺死而失去效用。建議抗生素與益生菌至少要間隔 2 小時服用。（註：若服用的是布拉氏酵母菌，雖不受抗生素影響，但錯開服用仍是較保險的習慣。）

與療程同步進行： 益生菌可以從抗生素療程的第一天就開始吃，並建議在抗生素療程結束後，繼續服用 1 到 2 週，幫助徹底重建被破壞的腸道健康菌叢。

輔助角色不可喧賓奪主： 必須提醒病患，益生菌只是「神隊友」，真正能殺死幽門桿菌的還是抗生素。絕對不能因為吃了益生菌就自行減少抗生素的劑量或停藥。